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南海海洋所?|?研究團(tuán)隊(duì)在赤道印度洋潛流多時(shí)空尺度變異研究取得系列新進(jìn)展
近日,中國(guó)科學(xué)院南海海洋研究所熱帶海洋環(huán)境實(shí)驗(yàn)室和熱帶海洋環(huán)境與島礁生態(tài)全國(guó)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室王衛(wèi)強(qiáng)研究員團(tuán)隊(duì)在赤道印度洋潛流多時(shí)空尺度變異機(jī)制研究方面取得系列新突破。相關(guān)研究成果分別以“Re-emergence of Indian Ocean Equatorial Undercurrent under Early Positive Indian Ocean Dipole”和“IOD-driven Quasi-biennial Variability Influence on Indian Ocean Equatorial Undercurrent”為題,發(fā)表于國(guó)際知名期刊Communications Earth & Environment和Journal of Climate上。LTO副研究員黃科為論文第一作者兼通訊作者,研究員王衛(wèi)強(qiáng)為共同通訊作者,合作作者包括美國(guó)科羅拉多大學(xué)博爾德分校教授Weiqing Han、華東師范大學(xué)教授吳瑩等人。在熱帶海洋溫躍層中,隱藏著一支強(qiáng)勁的"水下高速通道"——赤道潛流(Equatorial Undercurrent,EUC)。作為全球海洋環(huán)流系統(tǒng)的關(guān)鍵組成部分,EUC如同海洋中的"大動(dòng)脈",源源不斷地輸送著物質(zhì)和能量,深刻影響著區(qū)域乃至全球海洋環(huán)流、氣候和生態(tài)系統(tǒng)的動(dòng)態(tài)平衡。然而,與全年穩(wěn)定存在、維持熱量平衡的太平洋和大西洋EUC不同,印度洋EUC表現(xiàn)出獨(dú)特的“消失-再現(xiàn)”間歇性的動(dòng)態(tài)平衡特征:僅在每年早春和早秋出現(xiàn),而在夏季和冬季則幾乎完全消失——這一現(xiàn)象被譽(yù)為印度洋最重要的觀測(cè)發(fā)現(xiàn)之一。長(zhǎng)期以來(lái),學(xué)界普遍將印度季風(fēng)視為導(dǎo)致EUC間歇性消失的主要驅(qū)動(dòng)力,但最新研究揭示其背后的調(diào)控機(jī)制遠(yuǎn)比傳統(tǒng)認(rèn)知更為復(fù)雜。研究團(tuán)隊(duì)基于潛標(biāo)陣列的長(zhǎng)期連續(xù)觀測(cè),發(fā)現(xiàn)近幾十年來(lái)印度洋EUC在夏季出現(xiàn)了顯著的“再現(xiàn)“趨勢(shì),并進(jìn)一步揭示了其背后的"雙重調(diào)控"機(jī)制。研究表明,印度洋EUC夏季再現(xiàn)受到印度洋偶極子(IOD)多樣性和厄爾尼諾-南方濤動(dòng)(ENSO)遙強(qiáng)迫的共同調(diào)控。當(dāng)夏季成熟的正IOD事件爆發(fā)時(shí),海氣耦合過(guò)程顯著增強(qiáng),形成有利于EUC發(fā)展的耦合動(dòng)力環(huán)境,讓原本應(yīng)在夏季消失的EUC重新出現(xiàn)在赤道溫躍層。更為意外的是,夏季EUC的再現(xiàn)還與前一年冬季的拉尼娜事件密切相關(guān)。拉尼娜如同EUC的幕后激發(fā)因子,通過(guò)激發(fā)赤道海盆波動(dòng),沿“海盆傳播—邊界反射—再傳播”的動(dòng)力路徑,將能量?jī)?chǔ)存并傳遞至次年夏季,進(jìn)一步促成了EUC的夏季回歸。這一發(fā)現(xiàn)突破了傳統(tǒng)“季風(fēng)控制消失”的認(rèn)識(shí)框架,提出了“冬季ENSO—夏季IOD”雙重交織作用的新驅(qū)動(dòng)機(jī)制。在全球持續(xù)變暖的背景下,熱帶印度洋氣候模態(tài)頻率和強(qiáng)度的顯著變化使得印度洋EUC夏季再現(xiàn)事件趨于頻繁,這將進(jìn)一步重塑印度洋物質(zhì)和能量輸送特征,對(duì)鄰近區(qū)域氣候系統(tǒng)和生態(tài)環(huán)境產(chǎn)生更為深遠(yuǎn)的影響。圖1:(a) 赤道潛流是熱帶海洋環(huán)流系統(tǒng)中一支“水下高速通道”,影響熱帶物質(zhì)能量輸運(yùn);(b) 赤道印度洋潛流夏季重現(xiàn)背后的“雙重調(diào)控魔術(shù)”示意圖長(zhǎng)期以來(lái),學(xué)界已注意到印度洋EUC存在顯著的年際變化,且與IOD事件密切相關(guān)。然而,受ENSO等復(fù)雜動(dòng)力背景的干擾,難以清晰區(qū)分局地和遙強(qiáng)迫對(duì)EUC年際變異的調(diào)控機(jī)制,限制了其預(yù)測(cè)能力。研究團(tuán)隊(duì)基于長(zhǎng)時(shí)間觀測(cè)數(shù)據(jù)、再分析資料和海洋動(dòng)力模式,結(jié)合多種統(tǒng)計(jì)分析方法,精細(xì)識(shí)別出EUC具有的獨(dú)特準(zhǔn)兩年變率特征。在準(zhǔn)兩年時(shí)間尺度上,EUC呈現(xiàn)出規(guī)律性的“相位轉(zhuǎn)換”,表現(xiàn)為盆地環(huán)流一致振蕩(EUC模態(tài))與東西反向“蹺蹺板”模態(tài)(EUC轉(zhuǎn)換模態(tài))的交替出現(xiàn)。這一周期性特征與IOD固有的準(zhǔn)兩年“充放電振蕩”框架高度吻合,其驅(qū)動(dòng)機(jī)制主要源于風(fēng)場(chǎng)與溫躍層的耦合過(guò)程,通過(guò)激發(fā)赤道低頻波動(dòng),促使?jié)摿靼l(fā)生復(fù)雜的相位演變與動(dòng)力調(diào)整。這一系列成果凸顯了我室觀測(cè)系統(tǒng)在揭示印度洋環(huán)流變異機(jī)理中的關(guān)鍵作用,不僅深化了對(duì)印度洋EUC在全球潛流多樣性中獨(dú)特作用的認(rèn)識(shí),也為提升熱帶環(huán)流系統(tǒng)模擬能力提供了新思路,并為物理海洋、生物海洋與地球化學(xué)等多學(xué)科交叉研究奠定了重要理論基礎(chǔ)。本研究獲得國(guó)家自然科學(xué)基金重點(diǎn)項(xiàng)目和面上項(xiàng)目,以及基金委共享航次 的聯(lián)合資助與數(shù)據(jù)支持。圖2:印度洋偶極子的固有振蕩通過(guò)風(fēng)場(chǎng)–溫躍層的耦合作用,驅(qū)動(dòng)赤道潛流發(fā)生復(fù)雜的位相演變及準(zhǔn)兩年波動(dòng)響應(yīng)的機(jī)制示意圖相關(guān)論文信息:1.?Huang,Ke*,W. Han,T. Zu,Y. Wu,K. Xu,W. Wang. (2025b). Re-emergence of Indian Ocean Equatorial Undercurrent under Early Positive Indian Ocean Dipole. Communications Earth & Environment,6,698.?https://doi.org/10.1038/s43247-025-02704-42.?Huang,Ke*,D. Wang,Y. Zhu,W. Zhou,J. Yao,B. Peng. (2025c). IOD-driven Quasi-biennial Variability Influence on Indian Ocean Equatorial Undercurrent. Journal of Climate.?https://doi.org/10.1175/JCLI-D-25-0015.1原文鏈接:https://www.nature.com/articles/s43247-025-02704-4??????????https://journals.ametsoc.org/view/journals/clim/aop/JCLI-D-25-0015.1/JCLI-D-25-0015.1.xml??<!--!doctype-->
2025-10-09
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華南植物園研究發(fā)現(xiàn)增溫對(duì)微生物殘?bào)w的負(fù)面影響在底層土壤消失
增溫下土壤有機(jī)碳,特別是穩(wěn)定碳庫(kù)的變化將深刻影響陸地碳-氣候反饋的強(qiáng)度和方向。微生物殘?bào)w碳通常被認(rèn)為是土壤穩(wěn)定碳庫(kù)的重要成分,其對(duì)增溫的響應(yīng)在熱帶和亞熱帶森林地區(qū)研究較少。研究人員依托鼎湖山站于2012年建立的生態(tài)系統(tǒng)水平被動(dòng)增溫實(shí)驗(yàn)平臺(tái),進(jìn)行了為期8年的連續(xù)采樣,分析了南亞熱帶森林土壤微生物殘?bào)w對(duì)生態(tài)系統(tǒng)水平增溫的響應(yīng)模式及驅(qū)動(dòng)機(jī)制。結(jié)果表明,隨著增溫幅度的增加,南亞熱帶森林土壤微生物殘?bào)w下降。與未增溫(+0℃)處理相比,+2.1℃的增溫使表層(0-10 cm)土壤微生物殘?bào)w下降約23%(主要是由于真菌殘?bào)w碳的損失),其約占表層土壤總有機(jī)碳損失的48%。然而,底層土壤(20-40 cm)微生物殘?bào)w碳對(duì)增溫的響應(yīng)不敏感。進(jìn)一步分析表明,增溫下表層土壤微生物殘?bào)w碳的損失主要與增溫刺激的植物與微生物氮競(jìng)爭(zhēng)導(dǎo)致的土壤氮含量降低有關(guān),而底層土壤微生物殘?bào)w對(duì)增溫的響應(yīng)不敏感則與底層土壤更強(qiáng)的礦物保護(hù)作用以及更穩(wěn)定的微生物群落有關(guān)(圖1)。相關(guān)研究對(duì)于準(zhǔn)確理解熱帶和亞熱帶森林土壤有機(jī)碳動(dòng)態(tài)的溫度響應(yīng)具有重要意義:1)微生物殘?bào)w通常被認(rèn)為在礦物保護(hù)作用下對(duì)增溫不敏感,然而,我們發(fā)現(xiàn)南亞熱帶森林土壤中的微生物殘?bào)w對(duì)增溫的響應(yīng)強(qiáng)于預(yù)期,但這種敏感性隨土壤深度而降低。這一現(xiàn)象應(yīng)在地球系統(tǒng)模型中得到充分考慮。2)增溫引起的植物-土壤相互作用變化對(duì)微生物殘?bào)w的積累十分重要,僅土壤變暖實(shí)驗(yàn)由于難以監(jiān)測(cè)植物-土壤相互作用變化對(duì)微生物殘?bào)w積累的影響而可能會(huì)低估微生物殘?bào)w的溫度敏感性。相關(guān)研究成果以《Ecosystem-level warming reduces microbial necromass in the topsoil but not in deeper soil of a subtropical forest》發(fā)表于土壤學(xué)領(lǐng)域國(guó)際經(jīng)典學(xué)術(shù)期刊Geoderma上(IF5-years=7.3)。中國(guó)科學(xué)院華南植物園鼎湖山站博士后劉旭軍為論文的第一作者,劉菊秀研究員為論文的通訊作者。該研究是對(duì)先前基于該實(shí)驗(yàn)平臺(tái)發(fā)現(xiàn)增溫引起的植物-土壤養(yǎng)分競(jìng)爭(zhēng)抑制了土壤礦物結(jié)合態(tài)有機(jī)碳積累(https://doi.org/10.1016/j.oneear.2025.101465)的進(jìn)一步機(jī)制性驗(yàn)證。研究得到了國(guó)家自然科學(xué)基金、廣東省科技計(jì)劃、中國(guó)博士后科學(xué)基金和廣州市科技計(jì)劃項(xiàng)目的資助。論文鏈接:https://doi.org/10.1016/j.geoderma.2025.117336圖1. 增溫對(duì)南亞熱帶森林土壤微生物殘?bào)w碳的影響
2025-10-12
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華南植物園發(fā)現(xiàn)長(zhǎng)期增溫能促進(jìn)南亞熱帶森林土壤有機(jī)碳的積累
熱帶和亞熱帶森林被認(rèn)為是全球最具固碳潛力的生態(tài)系統(tǒng)之一,其土壤碳儲(chǔ)量約占全球陸地土壤有機(jī)碳的三分之一以上。然而,該地區(qū)未來(lái)可能面臨更加頻繁的高溫事件,未來(lái)增溫下這些生態(tài)系統(tǒng)能否持續(xù)積累土壤有機(jī)碳仍存在較大不確定性。一直以來(lái),由于缺乏長(zhǎng)期生態(tài)系統(tǒng)水平的增溫實(shí)驗(yàn),使得增溫引起的植物-土壤相互作用變化如何驅(qū)動(dòng)土壤有機(jī)碳的溫度響應(yīng)尚不明確,嚴(yán)重阻礙了對(duì)未來(lái)碳-氣候反饋的準(zhǔn)確預(yù)測(cè)和基于森林的氣候緩解方案的科學(xué)制定。針對(duì)這一問(wèn)題,中國(guó)科學(xué)院華南植物園鼎湖山站劉菊秀研究員團(tuán)隊(duì)于2012年在鼎湖山站建立了野外生態(tài)系統(tǒng)水平被動(dòng)增溫實(shí)驗(yàn)平臺(tái)(+0°C、+1.0°C、+2.1°C),開(kāi)展了長(zhǎng)期觀測(cè)研究。研究發(fā)現(xiàn),土壤不同有機(jī)碳組分對(duì)增溫的響應(yīng)受增溫時(shí)間的影響。土壤有機(jī)碳對(duì)增溫的響應(yīng)呈“兩個(gè)階段”(圖1、2和3):在第一階段(1–4年),增溫導(dǎo)致土壤有機(jī)碳凈損失,主要由于增溫刺激的植物-微生物養(yǎng)分競(jìng)爭(zhēng)導(dǎo)致土壤表層礦物結(jié)合態(tài)有機(jī)碳顯著減少;在第二階段(6–9年),由于持續(xù)的植物碳輸入和微生物碳代謝的熱調(diào)整使得植物來(lái)源的顆粒有機(jī)碳顯著增加,從而導(dǎo)致土壤有機(jī)碳的凈積累。這些結(jié)果表明,在適度增溫下,一些濕潤(rùn)的熱帶和亞熱帶森林土壤可能繼續(xù)積累有機(jī)碳,挑戰(zhàn)了以往僅基于土壤增溫實(shí)驗(yàn)而得出的結(jié)論:即普遍預(yù)測(cè)未來(lái)變暖會(huì)使熱帶和亞熱帶森林成為碳源。該研究加深了人們對(duì)增溫下植物-土壤相互作用如何驅(qū)動(dòng)亞熱帶森林土壤有機(jī)碳長(zhǎng)期動(dòng)態(tài)變化的理解。該研究是對(duì)先前基于該實(shí)驗(yàn)平臺(tái)觀察到南亞熱帶森林生態(tài)系統(tǒng)碳儲(chǔ)量在增溫6年后增加現(xiàn)象(https://doi.org/10.1111/gcb.17072)的進(jìn)一步深入的機(jī)制探究。相關(guān)研究成果以”Long-term moderate warming shifts soil carbon cycling but maintains carbon sinks in a subtropical forest”為題,發(fā)表在Cell旗下環(huán)境科學(xué)與生態(tài)學(xué)領(lǐng)域國(guó)際期刊One Earth(IF5-years=19.2)上。中國(guó)科學(xué)院華南植物園鼎湖山站博士后劉旭軍為論文的第一作者,劉菊秀研究員和美國(guó)密歇根大學(xué)Peter B. Reich院士為共同通訊作者。研究得到了國(guó)家自然科學(xué)基金、廣東省重點(diǎn)項(xiàng)目、廣東省科技計(jì)劃和中國(guó)博士后科學(xué)基金的支持。論文鏈接:https://doi.org/10.1016/j.oneear.2025.101465圖1. 增溫對(duì)南亞熱帶森林土壤有機(jī)碳及其組分的影響圖2. 生物與非生物因子對(duì)土壤有機(jī)碳及其組分的影響圖3. 增溫下植物-土壤相互作用對(duì)南亞熱帶森林土壤有機(jī)碳組分的調(diào)控機(jī)制
2025-10-12
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深圳先進(jìn)院 | 新一代無(wú)硼有機(jī)硅剪切硬化膠的開(kāi)發(fā)(Nature Communications)
近日,中國(guó)科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院材料所何睿團(tuán)隊(duì)及合作者們成功開(kāi)發(fā)出一種具有力學(xué)響應(yīng)性的有機(jī)硅凝膠。這種凝膠在高速?zèng)_擊力的作用下,材料內(nèi)部的彈性模量顯著提升而迅速變硬,是一種具有能量緩沖作用的防護(hù)材料。相關(guān)成果在國(guó)際權(quán)威期刊Nature Communications上發(fā)表題為“Supramolecular networks with high shear stiffening enabled by metal ion-mediated hydrogen bonding enhancement strategy”的研究論文。近日,中國(guó)科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院材料所何睿團(tuán)隊(duì)及合作者們成功開(kāi)發(fā)出一種具有力學(xué)響應(yīng)性的有機(jī)硅凝膠。這種凝膠在高速?zèng)_擊力的作用下,材料內(nèi)部的彈性模量顯著提升而迅速變硬,是一種具有能量緩沖作用的防護(hù)材料。相關(guān)成果在國(guó)際權(quán)威期刊Nature Communications上發(fā)表題為“Supramolecular networks with high shear stiffening enabled by metal ion-mediated hydrogen bonding enhancement strategy”的研究論文。傳統(tǒng)的剪切硬化膠(SSG)通常為聚硼硅氧烷體系(PBS),它是通過(guò)硼酸(BA)在高溫下交聯(lián)聚二甲基硅氧烷(PDMS)制備而成。硼酸不僅對(duì)鋼鐵和混凝土具有腐蝕性,而且在高溫下腐蝕速率加劇,更有多項(xiàng)動(dòng)物實(shí)驗(yàn)證明長(zhǎng)期接觸硼酸可能導(dǎo)致中毒反應(yīng)。這些安全隱患嚴(yán)重限制了SSG在諸多領(lǐng)域的應(yīng)用,因此開(kāi)發(fā)新一代無(wú)硼SSG迫在眉睫。針對(duì)上述問(wèn)題,何睿團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)出新型聚鈦硅氧烷體系(PTS),首次提出基于金屬離子介導(dǎo)的氫鍵增強(qiáng)策略調(diào)控超分子網(wǎng)絡(luò)中的氫鍵強(qiáng)度,來(lái)替代傳統(tǒng)PBS體系中的B-O動(dòng)態(tài)鍵。與PTS中的Si-OH相比,體系中Ti3?-OH的O原子電荷密度更高,而Ti4?-OH的H原子電荷密度更低,因此作為氫鍵供體和受體能產(chǎn)生更強(qiáng)的氫鍵相互作用(圖1)。當(dāng)承受高頻剪切應(yīng)力時(shí),氫鍵形成的動(dòng)態(tài)可逆網(wǎng)絡(luò)難以斷裂,無(wú)序的高分子鏈無(wú)法松弛和解纏,高分子鏈運(yùn)動(dòng)受限在宏觀尺度上呈現(xiàn)出高剛性狀態(tài)。本工作開(kāi)發(fā)的新型PTS SSG克服了傳統(tǒng)PBS體系的腐蝕性和毒性問(wèn)題,同時(shí)提出的金屬離子介導(dǎo)的氫鍵增強(qiáng)策略為其他超分子功能材料構(gòu)建提供了新路徑。研究團(tuán)隊(duì)實(shí)現(xiàn)“新一代無(wú)硼有機(jī)硅剪切硬化膠”的開(kāi)發(fā),工作亮點(diǎn)如下:優(yōu)異的剪切變硬性能:PTS SSG 在 0.1-100 Hz 頻率范圍內(nèi)表現(xiàn)出高達(dá) 2800 倍的剪切變硬性能,具有優(yōu)異的沖擊防護(hù)能力。優(yōu)異的生物相容性:與傳統(tǒng)的PBS SSG相比,PTS SSG 具有極低的細(xì)胞毒性 (Grade 1),使其成為安全可靠的智能凝膠材料。應(yīng)用潛力廣泛:PTS SSG 可用于制備抗沖擊材料、應(yīng)力傳感器等,展現(xiàn)出其在智能材料領(lǐng)域的廣闊應(yīng)用前景。金屬離子介導(dǎo)策略:通過(guò)引入變價(jià)金屬離子,調(diào)節(jié)氫鍵供體和受體的靜電勢(shì),從而顯著增強(qiáng)氫鍵強(qiáng)度,大幅提升刺激響應(yīng)性能。此外,該研究工作提出的金屬離子介導(dǎo)的氫鍵增強(qiáng)策略也為其他具有動(dòng)態(tài)可逆網(wǎng)絡(luò)的智能凝膠材料開(kāi)發(fā)提供了新的設(shè)計(jì)思路。中國(guó)科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院材料人工智能研究中心何睿副研究員為論文唯一通訊作者,陳卓博士及陳恒博士為論文共同第一作者。研究獲國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、國(guó)家自然科學(xué)基金、中國(guó)科學(xué)院戰(zhàn)略性先導(dǎo)科技專(zhuān)項(xiàng)等項(xiàng)目支持。文章上線(xiàn)截圖,原文鏈接:https://www.nature.com/articles/s41467-025-64000-1圖1 PTS SSG 結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì)和剪切硬化機(jī)理示意圖圖2 PTS SSG 性能優(yōu)化實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)圖3 位阻效應(yīng)對(duì)剪切硬化性能影響探究圖4 金屬離子介導(dǎo)的氫鍵增強(qiáng)機(jī)理研究圖5 PTS SSG的細(xì)胞毒性評(píng)估及應(yīng)用展示<!--!doctype-->
2025-10-11
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華南植物園樹(shù)蕨基因組多樣性破譯“活化石”植物億萬(wàn)年演化之謎
桫欏科樹(shù)蕨是蕨類(lèi)植物中典型的古老孑遺類(lèi)群,因起源古老和獨(dú)特的樹(shù)形而備受關(guān)注。其宏觀形態(tài)自侏羅紀(jì)以來(lái)高度保守,被譽(yù)為恐龍時(shí)代“活化石”。盡管形態(tài)演化緩慢,該類(lèi)群卻表現(xiàn)出豐富的物種多樣性及較強(qiáng)的環(huán)境適應(yīng)能力,成功應(yīng)對(duì)億萬(wàn)年數(shù)次環(huán)境劇變,引發(fā)了進(jìn)化生物學(xué)中長(zhǎng)期未解的謎題:為何這些類(lèi)群能在保持穩(wěn)定外形的同時(shí),具備如此強(qiáng)大的生存韌性?中國(guó)科學(xué)院華南植物園植物進(jìn)化與保護(hù)研究團(tuán)隊(duì)構(gòu)建了不同生態(tài)型?(典型喬木狀樹(shù)形及無(wú)顯著樹(shù)干的非樹(shù)形)桫欏科植物高質(zhì)量基因組圖譜,整合比較基因組學(xué)與轉(zhuǎn)錄組學(xué),?深度解析了其基因組演化機(jī)制。結(jié)果發(fā)現(xiàn),在整體分子進(jìn)化速率相對(duì)緩慢的背景下,整個(gè)樹(shù)蕨譜系僅在約1.54億年前共享一次全基因組復(fù)制(WGD)事件。該事件賦予了樹(shù)蕨雙重適應(yīng)優(yōu)勢(shì),不僅賦予了祖先樹(shù)蕨對(duì)侏羅紀(jì)晚期環(huán)境劇變的適應(yīng)能力,也為后期物種多樣化提供了遺傳基礎(chǔ)。典型樹(shù)形物種優(yōu)先保留與細(xì)胞壁合成和木質(zhì)化相關(guān)的基因以強(qiáng)化支撐結(jié)構(gòu),而非樹(shù)形物種則更多保留代謝與防御相關(guān)基因以增強(qiáng)生存韌性。研究還發(fā)現(xiàn),轉(zhuǎn)座子元件的持續(xù)爆發(fā)驅(qū)動(dòng)了基因組結(jié)構(gòu)動(dòng)態(tài)變化,包括顯著的基因組大小變異和染色體重排,成為局部快速演化的核心驅(qū)動(dòng)力。此外,喬木狀的表型創(chuàng)新并非簡(jiǎn)單依賴(lài)于WGD滯留基因劑量,而更依賴(lài)于復(fù)雜的轉(zhuǎn)錄調(diào)控,該機(jī)制可能通過(guò)協(xié)同木質(zhì)素合成與光感知過(guò)程,進(jìn)一步促進(jìn)樹(shù)蕨在被子植物主導(dǎo)的林下環(huán)境中的適應(yīng)。該研究將傳統(tǒng)認(rèn)知的活化石植物“演化停滯”重新定義為一種基因組的動(dòng)態(tài)平衡。宏觀進(jìn)化遲緩背景下的基因組可塑性與局部創(chuàng)新,正是樹(shù)蕨成功跨越億萬(wàn)年地質(zhì)變遷的演化密鑰。該成果不僅為桫欏科珍稀“活化石”蕨類(lèi)植物的保護(hù)研究提供了重要的基因組資源,同時(shí)為理解古老孑遺植物的長(zhǎng)期存續(xù)與演化提供了全新理論框架。相關(guān)研究成果以?“Resolving the stasis-dynamism paradox: Genome evolution in tree ferns”?為題發(fā)表在進(jìn)化生物學(xué)權(quán)威期刊Molecular Biology and Evolution(《分子生物與進(jìn)化》)。中國(guó)科學(xué)院華南植物園在讀博士研究生魏作影為論文第一作者,根特大學(xué)Yves Van de Peer教授、中國(guó)科學(xué)院華南植物園康明研究員及王靜研究員為通訊作者。中國(guó)科學(xué)院華南植物園馮超副研究員等國(guó)內(nèi)外科研人員參與了該研究。該研究工作得到了廣東省重點(diǎn)領(lǐng)域研發(fā)計(jì)劃、國(guó)家自然科學(xué)基金、廣東基礎(chǔ)與應(yīng)用基礎(chǔ)研究旗艦項(xiàng)目等的資助。文章鏈接:https://doi.org/10.1093/molbev/msaf247圖1.?桫欏科植物的WGD事件及后續(xù)基因保留圖2.?桫欏科植物基因組多樣性
2025-10-10
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深圳先進(jìn)院 | 理性設(shè)計(jì)噬菌體雞尾酒的標(biāo)準(zhǔn)化制劑,開(kāi)展精準(zhǔn)、高效的下一代噬菌體療法(eBioMedicine)
9月18日,中國(guó)科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院定量合成生物學(xué)全國(guó)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、合成生物學(xué)研究所合成微生物組學(xué)研究中心馬迎飛團(tuán)隊(duì),聯(lián)合南方科技大學(xué)醫(yī)院重癥醫(yī)學(xué)科潘勇軍團(tuán)隊(duì)、深圳大學(xué)總醫(yī)院呼吸科柏長(zhǎng)青團(tuán)隊(duì)以及深圳市人民醫(yī)院重癥醫(yī)學(xué)科劉雪燕團(tuán)隊(duì),在《柳葉刀》旗下轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)領(lǐng)域重要期刊eBioMedicine(醫(yī)學(xué)1區(qū),IF=10.8)上發(fā)表了一項(xiàng)題為“Efficacy of Precisely Tailored Phage Cocktails Targeting Carbapenem-Resistant Acinetobacter baumannii Reveals Evolutionary Trade-offs: a proof-of-concept study”的研究論文。9月18日,中國(guó)科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院定量合成生物學(xué)全國(guó)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、合成生物學(xué)研究所合成微生物組學(xué)研究中心馬迎飛團(tuán)隊(duì),聯(lián)合南方科技大學(xué)醫(yī)院重癥醫(yī)學(xué)科潘勇軍團(tuán)隊(duì)、深圳大學(xué)總醫(yī)院呼吸科柏長(zhǎng)青團(tuán)隊(duì)以及深圳市人民醫(yī)院重癥醫(yī)學(xué)科劉雪燕團(tuán)隊(duì),在《柳葉刀》旗下轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)領(lǐng)域重要期刊eBioMedicine(醫(yī)學(xué)1區(qū),IF=10.8)上發(fā)表了一項(xiàng)題為“Efficacy of Precisely Tailored Phage Cocktails Targeting Carbapenem-Resistant Acinetobacter baumannii Reveals Evolutionary Trade-offs: a proof-of-concept study”的研究論文。傳統(tǒng)噬菌體療法面臨兩大關(guān)鍵挑戰(zhàn):其一,致病菌株具有高度多樣性,需采用個(gè)性化策略——即從患者體內(nèi)分離并鑒定耐藥菌株,進(jìn)而篩選相匹配的敏感噬菌體以制備個(gè)體化制劑;其二,治療過(guò)程中細(xì)菌易發(fā)生快速變異,產(chǎn)生噬菌體抗性,導(dǎo)致初始治療方案失效,需重新篩選有效噬菌體。整個(gè)過(guò)程耗時(shí)較長(zhǎng),難以滿(mǎn)足臨床高效診療的迫切需求。針對(duì)上述問(wèn)題,研究團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn)臨床中最流行的鮑曼不動(dòng)桿菌菌株屬于莢膜類(lèi)型2(KL2)?;谶@一流行特征,他們利用迭代噬菌體適應(yīng)性篩選策略(iterative Phage Adaptive Selection,iPAS),成功構(gòu)建了一種固定配方噬菌體雞尾酒制劑——ABCK2,可有效應(yīng)對(duì)KL2型菌株及其可能產(chǎn)生的抗性。實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示,89.1%的KL2型菌株對(duì)ABCK2敏感,而其余10.9%產(chǎn)生抗性的菌株則表現(xiàn)出細(xì)胞毒性顯著減弱和抗生素敏感性增強(qiáng)的進(jìn)化權(quán)衡現(xiàn)象。在后續(xù)臨床應(yīng)用中,研究團(tuán)隊(duì)使用ABCK2成功清除了兩例患者肺部感染的KL2型鮑曼不動(dòng)桿菌,展現(xiàn)出良好的治療效果。該研究不僅驗(yàn)證了基于流行菌株分型精準(zhǔn)設(shè)計(jì)固定配方噬菌體雞尾酒的可行性與有效性,也為理解噬菌體-宿主共進(jìn)化關(guān)系提供了關(guān)鍵證據(jù)。成功的臨床案例突顯了ABCK2在治療多重耐藥菌感染中的應(yīng)用潛力,為推進(jìn)下一代噬菌體療法的臨床轉(zhuǎn)化奠定了重要基礎(chǔ)。一、耐碳青霉烯類(lèi)鮑曼不動(dòng)桿菌的全球威脅與噬菌體治療新契機(jī)在中國(guó),耐碳青霉烯類(lèi)鮑曼不動(dòng)桿菌(carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii,CRAB)的檢出率高達(dá)60%-70%,其感染所致的臨床后果極為嚴(yán)重。研究顯示,CRAB血流感染病死率超過(guò)60%。由于CRAB具有高致死率與快速傳播的特點(diǎn),它已被世界衛(wèi)生組織(WHO)列為“最緊迫威脅”級(jí)別的耐藥病原體,對(duì)全球公共衛(wèi)生構(gòu)成嚴(yán)峻挑戰(zhàn)。在此背景下,能夠特異性感染并裂解細(xì)菌的噬菌體療法,近年來(lái)被視為對(duì)抗耐藥菌的新希望。二、KL2型CRAB在廣東及全國(guó)的流行研究團(tuán)隊(duì)從深圳、廣州及中山等地的多家醫(yī)院共采集138株臨床分離CRAB,其中莢膜2型(KL2)菌株占比最高,為33.3%。同時(shí),結(jié)合兩項(xiàng)全國(guó)流行病學(xué)研究的896株菌株基因組分析發(fā)現(xiàn),KL2型在全國(guó)范圍內(nèi)的占比仍高達(dá)17.7%(圖1)。這提示KL2型CRAB不僅在廣東高發(fā),且已在全國(guó)范圍內(nèi)廣泛流行。三、噬菌體雞尾酒ABCK2的研發(fā)突破盡管噬菌體能夠裂解細(xì)菌,但細(xì)菌同樣會(huì)進(jìn)化出對(duì)噬菌體的耐藥性。例如,KL2型CRAB菌株NAB01B在暴露于噬菌體組合ABCK1后,僅8小時(shí)內(nèi)便出現(xiàn)抗性。為應(yīng)對(duì)這一問(wèn)題,團(tuán)隊(duì)采用迭代適應(yīng)性篩選(iterative Phage Adaptive Selection,iPAS)策略,使用耐藥菌株分離并篩選出殺傷力更強(qiáng)的噬菌體,構(gòu)建了新的噬菌體雞尾酒組合ABCK2。在體外實(shí)驗(yàn)中,ABCK2能在25小時(shí)內(nèi)完全抑制NAB01B的生長(zhǎng),且未檢測(cè)到噬菌體抗性(圖2)。四、噬菌體抗性株特征分析與ABCK2的廣譜抑制性在ABCK2研發(fā)過(guò)程中所分離的實(shí)驗(yàn)室抗性株表現(xiàn)出高度一致的特性:對(duì)部分抗生素重新敏感以及毒力減弱等(圖3)。這些變異主要集中在細(xì)菌莢膜合成基因座(KL)與脂寡糖合成基因座(OCL)(圖4),表明獲得噬菌體抗性會(huì)伴隨顯著的“適應(yīng)性代價(jià)”。在46株臨床KL2型CRAB中,有89.1%對(duì)ABCK2高度敏感;其余菌株雖不敏感,但伴隨毒力減弱(圖5),進(jìn)一步凸顯了ABCK2在臨床應(yīng)用中的潛在價(jià)值。五、快速分型與兩例成功救治案例研究團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn),檢測(cè)特征基因pgt1與gtr3可快速鑒定KL2型CRAB?;颊咄ㄟ^(guò)此快速分型確診后,經(jīng)南方科技大學(xué)醫(yī)院倫理委員會(huì)審批及家屬知情同意簽字,立即接受ABCK2霧化吸入(圖6)。患者接受ABCK2治療后24小時(shí)后痰培養(yǎng)陰性,隨訪4個(gè)月無(wú)復(fù)發(fā),療效顯著。六、前景展望:精準(zhǔn)噬菌體策略的臨床化與規(guī)?;疉BCK2的研發(fā)與應(yīng)用,驗(yàn)證了基于流行株型精準(zhǔn)定制噬菌體雞尾酒策略的可行性,并為噬菌體與細(xì)菌的共同進(jìn)化研究提供了實(shí)證。從臨床救治到大樣本體外抑菌實(shí)驗(yàn),ABCK2對(duì)KL2型CRAB均表現(xiàn)出廣譜且持久的抑制效果,且抗性株毒力明顯減弱。未來(lái),ABCK2有望作為一種固定配方的臨床儲(chǔ)備制劑,結(jié)合快速分子檢測(cè),實(shí)現(xiàn)“快速診斷—精準(zhǔn)用藥”的閉環(huán)治療模式。該模式既可提升耐藥感染治愈率,又為噬菌體療法的規(guī)范化、規(guī)?;於ɑA(chǔ),為應(yīng)對(duì)全球抗生素耐藥危機(jī)具有重要意義。中國(guó)科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院定量合成生物學(xué)全國(guó)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、合成生物學(xué)研究所合成微生物組學(xué)研究中心馬迎飛研究員、譚新副研究員和南方科技大學(xué)醫(yī)院潘勇軍主任醫(yī)師為文章的通訊作者。中國(guó)科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院與澳門(mén)科技大學(xué)聯(lián)合培養(yǎng)博士生劉自強(qiáng)和中國(guó)科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院譚新副研究員為文章的共同第一作者。該研究得到了國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、深圳市醫(yī)學(xué)研究專(zhuān)項(xiàng)資金、深圳市科技計(jì)劃以及深圳合成生物學(xué)創(chuàng)新研究院等項(xiàng)目的支持。<!--!doctype-->文章上線(xiàn)截圖原文鏈接:https://www.thelancet.com/journals/ebiom/article/PIIS2352-3964(25)00386-X/fulltext圖1:廣東地區(qū)、全國(guó)范圍內(nèi)鮑曼不動(dòng)桿菌莢膜譜系圖2:噬菌體迭代適應(yīng)性篩選策略圖3:噬菌體抗性株對(duì)抗生素再敏感、毒力下降圖4:噬菌體抗性株的基因突變位點(diǎn)圖5:KL2型臨床CRAB分離株對(duì)ABCK2的敏感性及抗性菌生物膜形成能力、對(duì)免疫系統(tǒng)抵抗力下降圖6:KL2型CRAB的快速鑒定及臨床應(yīng)用
2025-09-22
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深圳先進(jìn)院 | 從海水“捕碳造物”——中國(guó)科研團(tuán)隊(duì)打通人工海洋碳循環(huán)新路徑(Nature Catalysis)
北京時(shí)間2025年10月6日,中國(guó)科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院合成生物學(xué)研究所高翔課題組與電子科技大學(xué)夏川課題組合作,在國(guó)際高水平學(xué)術(shù)期刊Nature Catalysis上發(fā)表了題為Efficient and scalable upcycling of oceanic carbon sources into bioplastic monomers的研究成果。團(tuán)隊(duì)率先提出并驗(yàn)證人工海洋碳循環(huán)系統(tǒng):面向天然海水場(chǎng)景高效捕集CO2,電催化制備可進(jìn)入生物制造的平臺(tái)中間體,再經(jīng)工程化微生物升級(jí)轉(zhuǎn)化為高價(jià)值分子與材料。研究以可降解材料單體為示范,凸顯“捕碳造物”的平臺(tái)能力與可擴(kuò)展性,為我國(guó)“藍(lán)色經(jīng)濟(jì)”、雙碳目標(biāo)與綠色低碳技術(shù)創(chuàng)新提供新路徑。北京時(shí)間2025年10月6日,中國(guó)科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院合成生物學(xué)研究所高翔課題組與電子科技大學(xué)夏川課題組合作,在國(guó)際高水平學(xué)術(shù)期刊Nature Catalysis上發(fā)表了題為Efficient and scalable upcycling of oceanic carbon sources into bioplastic monomers的研究成果。團(tuán)隊(duì)率先提出并驗(yàn)證人工海洋碳循環(huán)系統(tǒng):面向天然海水場(chǎng)景高效捕集CO2,電催化制備可進(jìn)入生物制造的平臺(tái)中間體,再經(jīng)工程化微生物升級(jí)轉(zhuǎn)化為高價(jià)值分子與材料。研究以可降解材料單體為示范,凸顯“捕碳造物”的平臺(tái)能力與可擴(kuò)展性,為我國(guó)“藍(lán)色經(jīng)濟(jì)”、雙碳目標(biāo)與綠色低碳技術(shù)創(chuàng)新提供新路徑。文章上線(xiàn)截圖文章鏈接:https://www.nature.com/articles/s41929-025-01416-4海洋作為地球最大的碳匯,每年吸收逾四分之一人為排放的二氧化碳,是維系全球氣候穩(wěn)定和碳循環(huán)的重要天然緩沖器。然而,隨著大氣中二氧化碳濃度的持續(xù)上升,不僅加劇了氣候變化,并且海洋因大量吸收二氧化碳而出現(xiàn)酸化現(xiàn)象,威脅海洋生態(tài)安全。如何把已入海的碳資源化并減緩酸化,是海洋治理與綠色制造的共同命題。此次研究團(tuán)隊(duì)自主研發(fā)電解裝置,可在真實(shí)海水環(huán)境下連續(xù)穩(wěn)定運(yùn)行超過(guò)500小時(shí),以較低的能耗高效捕獲海水中的二氧化碳;所捕獲碳源經(jīng)電催化轉(zhuǎn)化為高純甲酸,再由工程化海洋微生物升級(jí)為琥珀酸等平臺(tái)分子。以琥珀酸為例,團(tuán)隊(duì)完成了材料端示范(如可降解塑料PBS制備),用以驗(yàn)證從“海水捕碳—平臺(tái)中間體—生物升級(jí)—終端應(yīng)用”的端到端可行性;所獲替代型生物化學(xué)品在性質(zhì)上與石化同類(lèi)一致,體現(xiàn)可持續(xù)的海洋碳資源利用路徑。該研究驗(yàn)證了“以海治碳”的技術(shù)可行性,也為我國(guó)推進(jìn)海洋碳匯資源化提供了范例。面向應(yīng)用,隨著技術(shù)優(yōu)化與規(guī)?;七M(jìn),有望在近海實(shí)現(xiàn)“邊捕碳、邊產(chǎn)料”的一體化布局,帶動(dòng)綠色分子與材料產(chǎn)業(yè)發(fā)展,促進(jìn)藍(lán)色經(jīng)濟(jì)高質(zhì)量增長(zhǎng)。該工作緊扣“雙碳”與“藍(lán)色經(jīng)濟(jì)”方向,為氣候治理、生態(tài)保護(hù)與綠色產(chǎn)業(yè)提供新方案,彰顯了中國(guó)科研團(tuán)隊(duì)在全球綠色低碳科技創(chuàng)新中的擔(dān)當(dāng)與貢獻(xiàn)。圖1 擬建的人工海洋碳捕集與循環(huán)利用系統(tǒng)研究團(tuán)隊(duì)提出“人工海洋碳循環(huán)系統(tǒng)”的總體思路。該系統(tǒng)包括兩個(gè)關(guān)鍵環(huán)節(jié):首先,通過(guò)新型的電解裝置直接從海水中捕集二氧化碳,有效避免了電極鈍化和鹽類(lèi)沉積等問(wèn)題,實(shí)現(xiàn)長(zhǎng)期穩(wěn)定運(yùn)行;其次,將捕獲的二氧化碳通過(guò)電化學(xué)與生物催化過(guò)程,轉(zhuǎn)化為可替代化石工業(yè)來(lái)源的生物化學(xué)品。該路徑貫通了從“海水捕碳”到“綠色分子與材料”的全鏈條,以可降解塑料單體為示范,凸顯其在碳循環(huán)、資源利用和環(huán)境治理中的戰(zhàn)略意義(圖1)。圖2 利用固態(tài)電解質(zhì)電解槽從海水中捕集二氧化碳研究團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)了一種用于海水碳捕集的裝置,并在結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì)與運(yùn)行穩(wěn)定性方面取得了突破。該裝置能夠以天然海水為原料實(shí)現(xiàn)連續(xù)二氧化碳捕集,在實(shí)際條件下穩(wěn)定運(yùn)行超過(guò)500小時(shí),顯著提升了系統(tǒng)的可靠性。實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示,該裝置的碳捕獲效率超過(guò)70%,并可同步副產(chǎn)氫氣;其捕獲每噸二氧化碳的成本僅為229.9美元,展現(xiàn)出潛在的經(jīng)濟(jì)競(jìng)爭(zhēng)力。該成果不僅驗(yàn)證了直接利用天然海水實(shí)現(xiàn)持續(xù)“捕碳”的可行性,也為將海洋碳匯轉(zhuǎn)化為綠色分子與材料、推動(dòng)海洋經(jīng)濟(jì)發(fā)展提供了新的可能性(圖2)。圖3 Bi-BEN 的結(jié)構(gòu)表征研究團(tuán)隊(duì)通過(guò)兩步法成功合成了Bi-BEN(鉍基金屬有機(jī)框架衍生)催化劑。首先經(jīng)溶劑熱反應(yīng)制備鉍基金屬有機(jī)框架材料,隨后在電化學(xué)原位重構(gòu)過(guò)程中形成由有機(jī)配體修飾的Bi納米顆粒。通過(guò)單晶衍射、X射線(xiàn)吸收光譜等多種表征手段系統(tǒng)驗(yàn)證了其結(jié)構(gòu)特征,確認(rèn)了該催化劑材料在實(shí)際工況條件下的真實(shí)結(jié)構(gòu)(圖3)。圖4 Bi-BEN與Bi納米顆粒的二氧化碳電還原性能及機(jī)理研究研究團(tuán)隊(duì)系統(tǒng)對(duì)比了Bi-BEN與未修飾Bi納米顆粒催化劑在二氧化碳電還原反應(yīng)(CO2RR)中的性能差異。結(jié)果表明,Bi-BEN催化劑具有較高的催化活性和甲酸選擇性,在720 mA cm-2的甲酸偏電流密度下僅需-1.37 V(相對(duì)于可逆氫電極)的過(guò)電位,并且穩(wěn)定性得到明顯提升。進(jìn)一步結(jié)合原位光譜與理論計(jì)算分析發(fā)現(xiàn),Bi-BEN 的優(yōu)越性能源于有機(jī)配體對(duì)關(guān)鍵反應(yīng)中間體HCOO*的穩(wěn)定作用,從而協(xié)同提升了催化劑的活性、選擇性和穩(wěn)定性(圖4)。圖5 甲酸的電化學(xué)生產(chǎn)及其向琥珀酸的微生物轉(zhuǎn)化為驗(yàn)證依托海洋資源發(fā)展海洋經(jīng)濟(jì)、利用海水制造綠色材料的可行性,研究團(tuán)隊(duì)構(gòu)建了電催化和生物催化的耦合過(guò)程,并以生物塑料為示例完成從捕碳到終端制品的貫通示范。首先,利用Bi-BEN催化劑并通過(guò)放大固態(tài)電解反應(yīng)器獲得高濃度的純甲酸溶液,并在連續(xù)運(yùn)行20天內(nèi)保持穩(wěn)定產(chǎn)出。隨后,工程化的海洋細(xì)菌Vibrio natriegens(需納弧菌)能夠以甲酸為唯一碳源實(shí)現(xiàn)高效生長(zhǎng),并將其進(jìn)一步轉(zhuǎn)化為琥珀酸和乳酸。該“電催化+合成生物學(xué)”的耦合策略首次實(shí)現(xiàn)了海水碳捕集與生物塑料原料生產(chǎn)的銜接,形成面向多產(chǎn)物的通用平臺(tái),為跨學(xué)科融合提供了新范式(圖5)。圖6 利用由二氧化碳合成的甲酸進(jìn)行琥珀酸的生物發(fā)酵為驗(yàn)證以二氧化碳合成的甲酸作為唯一碳源生產(chǎn)琥珀酸的工業(yè)可行性,研究人員系統(tǒng)展示了完整的生產(chǎn)過(guò)程:通過(guò)碳同位素(13C)標(biāo)記實(shí)驗(yàn)明確證實(shí)琥珀酸碳源來(lái)自甲酸;在1L與5L發(fā)酵罐完成從搖瓶到中試級(jí)的放大驗(yàn)證。過(guò)程中產(chǎn)生的乳酸產(chǎn)物亦具備材料與化學(xué)品價(jià)值,提示路線(xiàn)具備并聯(lián)多產(chǎn)物潛力。結(jié)果表明,該系統(tǒng)具備實(shí)際放大與產(chǎn)業(yè)化可行性,標(biāo)志著向“邊捕碳、邊產(chǎn)料”一體化模式邁出關(guān)鍵一步(圖6)。圖7 電催化+生物催化的集成系統(tǒng)圖8?電催化+生物催化捕獲海水中的碳用于合成多種塑料產(chǎn)品的示意圖該研究由中國(guó)科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院和電子科技大學(xué)等單位合作完成,電子科技大學(xué)博士生李成博為第一作者,中國(guó)科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院博士生郭明明為共同第一作者;夏川教授為最后通訊作者,高翔副研究員為共同通訊作者。項(xiàng)目負(fù)責(zé)人夏川教授和高翔副研究員表示:“我們希望通過(guò)這項(xiàng)技術(shù),把海洋豐富的碳資源轉(zhuǎn)化為綠色高價(jià)值產(chǎn)品,實(shí)現(xiàn)碳減排、資源利用和產(chǎn)業(yè)升級(jí)的多重目標(biāo)。這也是我國(guó)落實(shí)碳達(dá)峰碳中和戰(zhàn)略、建設(shè)海洋強(qiáng)國(guó)的重要科技支撐。”該工作獲得了國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、國(guó)家自然科學(xué)基金、四川省杰出青年基金、廣東省基礎(chǔ)與應(yīng)用基礎(chǔ)研究基金和深圳市自然科學(xué)基金等項(xiàng)目的支持。通訊作者簡(jiǎn)介:高翔,博士生導(dǎo)師,中國(guó)科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院副研究員,中國(guó)科學(xué)院人才引進(jìn)計(jì)劃和廣東省杰出青年入選者。實(shí)驗(yàn)室聚焦生物-非生物雜合體人工光合技術(shù),融合生物催化和光/電化學(xué)催化的優(yōu)勢(shì),創(chuàng)建超越自然功能的人工光合細(xì)胞工廠,開(kāi)辟光/電能驅(qū)動(dòng)CO?合成產(chǎn)物的新路徑,為解決糧食、能源和環(huán)境等問(wèn)題提供創(chuàng)新解決方案。研究成果以第一和通訊(含共同)作者身份,發(fā)表在Nature Catalysis,Nature Chemistry,Nature Sustainability,Chemical Reviews等期刊;主持國(guó)家自然科學(xué)基金委青年科學(xué)基金項(xiàng)目(B類(lèi))和面上項(xiàng)目、中國(guó)科學(xué)院戰(zhàn)略先導(dǎo)科技專(zhuān)項(xiàng)(B類(lèi))、深圳市重點(diǎn)項(xiàng)目等。<!--!doctype-->
2025-10-09
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深圳先進(jìn)院| 揭示T細(xì)胞抗原受體信號(hào)多樣性的脂質(zhì)靜電調(diào)控機(jī)制(Mol Cell)
T細(xì)胞作為適應(yīng)性免疫的關(guān)鍵角色,其激活依賴(lài)T細(xì)胞受體(TCR)對(duì)遞呈抗原的精準(zhǔn)識(shí)別與信號(hào)傳遞。這一過(guò)程的異常不僅會(huì)導(dǎo)致免疫缺陷,還與腫瘤免疫逃逸、慢性感染中T細(xì)胞耗竭密切相關(guān)。長(zhǎng)期以來(lái),TCR信號(hào)如何實(shí)現(xiàn)“精準(zhǔn)啟動(dòng)”與“功能多樣性”一直是免疫領(lǐng)域的關(guān)鍵科學(xué)問(wèn)題。作為抗原受體,TCR的核心功能在于將多樣的胞外抗原刺激信號(hào)轉(zhuǎn)化為胞內(nèi)信號(hào),從而指導(dǎo)精確的T細(xì)胞免疫程序。它由一個(gè)抗原識(shí)別亞基TCRαβ和三個(gè)信號(hào)亞基CD3εδ、CD3εγ和CD3ζζ構(gòu)成,其中四種CD3信號(hào)鏈的胞內(nèi)區(qū)共含有10個(gè)免疫受體酪氨酸活化基序(Immunoreceptor activation tyrosine-based motif, ITAM),即20個(gè)可磷酸化的酪氨酸位點(diǎn)。這些位點(diǎn)如何通過(guò)磷酸化組合產(chǎn)生特異性的抗原信號(hào),仍然是免疫學(xué)中的未解之謎。近期,多項(xiàng)冷凍電鏡研究報(bào)道了TCR-CD3復(fù)合體結(jié)構(gòu),然而CD3胞內(nèi)信號(hào)區(qū)信息由于其無(wú)序性和高度動(dòng)態(tài)性而缺失。因此,填補(bǔ)這一知識(shí)空白對(duì)于完整地理解抗原免疫應(yīng)答至關(guān)重要。T細(xì)胞作為適應(yīng)性免疫的關(guān)鍵角色,其激活依賴(lài)T細(xì)胞受體(TCR)對(duì)遞呈抗原的精準(zhǔn)識(shí)別與信號(hào)傳遞。這一過(guò)程的異常不僅會(huì)導(dǎo)致免疫缺陷,還與腫瘤免疫逃逸、慢性感染中T細(xì)胞耗竭密切相關(guān)。長(zhǎng)期以來(lái),TCR信號(hào)如何實(shí)現(xiàn)“精準(zhǔn)啟動(dòng)”與“功能多樣性”一直是免疫領(lǐng)域的關(guān)鍵科學(xué)問(wèn)題。作為抗原受體,TCR的核心功能在于將多樣的胞外抗原刺激信號(hào)轉(zhuǎn)化為胞內(nèi)信號(hào),從而指導(dǎo)精確的T細(xì)胞免疫程序。它由一個(gè)抗原識(shí)別亞基TCRαβ和三個(gè)信號(hào)亞基CD3εδ、CD3εγ和CD3ζζ構(gòu)成,其中四種CD3信號(hào)鏈的胞內(nèi)區(qū)共含有10個(gè)免疫受體酪氨酸活化基序(Immunoreceptor activation tyrosine-based motif,ITAM),即20個(gè)可磷酸化的酪氨酸位點(diǎn)。這些位點(diǎn)如何通過(guò)磷酸化組合產(chǎn)生特異性的抗原信號(hào),仍然是免疫學(xué)中的未解之謎。近期,多項(xiàng)冷凍電鏡研究報(bào)道了TCR-CD3復(fù)合體結(jié)構(gòu),然而CD3胞內(nèi)信號(hào)區(qū)信息由于其無(wú)序性和高度動(dòng)態(tài)性而缺失。因此,填補(bǔ)這一知識(shí)空白對(duì)于完整地理解抗原免疫應(yīng)答至關(guān)重要。2025年10月2日,中國(guó)科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院合成生物學(xué)研究所施小山課題組、中國(guó)科學(xué)院分子細(xì)胞科學(xué)卓越創(chuàng)新中心許琛琦課題組與上??萍即髮W(xué)王皞鵬課題組合作,在Molecular Cell雜志上發(fā)表了題為“Lipid-regulated phosphorylation hierarchy of the T cell receptor tyrosine motifs”的封面研究論文。該研究利用核磁共振、定量質(zhì)譜和細(xì)胞實(shí)驗(yàn),解析了TCR-CD3復(fù)合物中關(guān)鍵信號(hào)亞基CD3ζ的胞內(nèi)區(qū)結(jié)構(gòu)以及磷酸化規(guī)律,揭示了正電基序(Basic residue Rich Sequence,BRS)與脂質(zhì)相互作用在其中的關(guān)鍵調(diào)控機(jī)制,同時(shí)提出CD3ζ磷酸化不充分是T細(xì)胞功能耗竭的誘因之一,為合成免疫受體的理性設(shè)計(jì)提供了新思路。CD3ζζ同源二聚體是TCR-CD3復(fù)合物的主要信號(hào)亞基,每條CD3ζ的胞內(nèi)區(qū)含有3個(gè)ITAM,由此貢獻(xiàn)了TCR中60%的可磷酸化酪氨酸位點(diǎn)。CD3ζ胞內(nèi)區(qū)一直被用作嵌合抗原受體(CAR)的固定模塊,啟動(dòng)其信號(hào)級(jí)聯(lián)反應(yīng)。為攻克“無(wú)序且動(dòng)態(tài)”的CD3ζ胞內(nèi)區(qū)在結(jié)構(gòu)解析上的技術(shù)難題,研究團(tuán)隊(duì)采用模擬生理膜酸性磷脂環(huán)境的脂質(zhì)雙分子層(bicelle)系統(tǒng),結(jié)合溶液核磁共振(NMR)技術(shù),成功解析了CD3ζ胞內(nèi)信號(hào)區(qū)的動(dòng)態(tài)結(jié)構(gòu)。CD3ζ的3個(gè)ITAM基序呈現(xiàn)“N端到C端梯度膜插入”的異質(zhì)性——N端的ITAM1膜插入程度最淺,中間的ITAM2膜插入程度居中,而C端的ITAM3膜插入程度最深。值得注意的是,ITAM的膜插入水平主要由其鄰近的BRS與脂質(zhì)的相互作用調(diào)控,而非由ITAM自身序列決定。這一發(fā)現(xiàn)明確了CD3ζ ITAM結(jié)構(gòu)異質(zhì)性的分子基礎(chǔ)。結(jié)構(gòu)的異質(zhì)性往往對(duì)應(yīng)功能的特異性,研究團(tuán)隊(duì)進(jìn)一步探究了ITAM膜插入差異對(duì)其磷酸化的影響。利用新型靶向定量質(zhì)譜等技術(shù),研究團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn)了脂質(zhì)依賴(lài)的磷酸化順序:在酸性脂質(zhì)存在時(shí),CD3ζ的3個(gè)ITAM呈現(xiàn)N端到C端的“順序磷酸化”——ITAM1磷酸化最快,ITAM2次之,ITAM3最慢;而在中性脂質(zhì)環(huán)境中,這種順序性完全消失。這一結(jié)果表明,脂質(zhì)通過(guò)調(diào)控ITAM的膜插入深度,直接決定了其被LCK激酶(TCR信號(hào)關(guān)鍵激酶)磷酸化的效率:膜插入淺的ITAM更易被激酶接觸,磷酸化更快;反之則更慢。為進(jìn)一步驗(yàn)證這一機(jī)制,研究團(tuán)隊(duì)突變了CD3ζ的BRS基序,破壞ITAM的膜插入梯度,磷酸化的順序性也隨之瓦解。這些結(jié)果證實(shí)了“BRS-lipid”的靜電相互作用是CD3ζ順序磷酸化的核心驅(qū)動(dòng)因素。TCR信號(hào)的精準(zhǔn)調(diào)控不僅關(guān)乎生理免疫應(yīng)答,更與病理狀態(tài)(如腫瘤、慢性感染)下的T細(xì)胞耗竭密切相關(guān)。研究團(tuán)隊(duì)進(jìn)一步探究了慢性TCR刺激(模擬腫瘤微環(huán)境或慢性感染)對(duì)CD3ζ磷酸化的影響。結(jié)果表明:T細(xì)胞在耗竭過(guò)程中CD3ζ的磷酸化模式發(fā)生顯著改變——C端的ITAM3的磷酸化衰減速度遠(yuǎn)快于N端的ITAM1,這導(dǎo)致細(xì)胞中積累大量“部分磷酸化”的CD3ζ,進(jìn)而引發(fā)TCR信號(hào)不足。慢性刺激過(guò)程中ATP耗竭是這一異常的關(guān)鍵原因,因?yàn)锳TP不足使得膜插入程度高的酪氨酸不容易獲得磷酸化。這一發(fā)現(xiàn)為T(mén)細(xì)胞耗竭機(jī)制提供了新解釋?zhuān)杭闯嗣庖邫z查點(diǎn)分子(如PD-1、LAG3等)外,TCR自身的磷酸化不足也是T細(xì)胞功能異常的重要原因。在多種人類(lèi)腫瘤中,T細(xì)胞耗竭與TCR信號(hào)不足具有明確的相關(guān)性。綜上所述,該研究通過(guò)生物物理學(xué)、生物化學(xué)和免疫學(xué)的多學(xué)科交叉,解析了CD3ζ胞內(nèi)區(qū)在生理酸性膜環(huán)境中的動(dòng)態(tài)結(jié)構(gòu),闡明了靜電調(diào)控的ITAM的順序磷酸化規(guī)律,發(fā)現(xiàn)了T細(xì)胞耗竭的新機(jī)制,為免疫治療提供了新思路。中國(guó)科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院合成生物學(xué)研究所施小山研究員、中國(guó)科學(xué)院分子細(xì)胞科學(xué)卓越創(chuàng)新中心許琛琦研究員以及上海科技大學(xué)王皞鵬研究員為該論文的共同通訊作者。分子細(xì)胞科學(xué)卓越創(chuàng)新中心李華副研究員、孟麗博士、深圳先進(jìn)技術(shù)研究院褚純博士、分子細(xì)胞科學(xué)卓越創(chuàng)新中心李昌庭、楊皓晨為該論文的共同第一作者。本研究獲得了深圳合成生物研究重大科技基礎(chǔ)設(shè)施和深圳合成生物學(xué)創(chuàng)新研究院公共技術(shù)平臺(tái)提供的技術(shù)支持,特別是質(zhì)譜平臺(tái)在數(shù)據(jù)采集過(guò)程中的專(zhuān)業(yè)支撐。該論文被選為封面故事:六孔長(zhǎng)笛象征含六個(gè)酪氨酸磷酸化位點(diǎn)的CD3ζ。正如不同的笛子孔位組合可產(chǎn)生各種音調(diào),不同的CD3ζ磷酸化組合也能產(chǎn)生多樣化的信號(hào)輸出,從而決定抗原免疫應(yīng)答的特異性。封面插畫(huà)由許琛琦課題組的張雨萌同學(xué)創(chuàng)作。文章上線(xiàn)截圖原文鏈接:https://www.cell.com/molecular-cell/abstract/S1097-2765(25)00746-4圖1 CD3ζ信號(hào)區(qū)的膜結(jié)合結(jié)構(gòu)及其磷酸化層級(jí)性<!--!doctype-->
2025-10-09
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深圳先進(jìn)院?| 多模態(tài)相似性評(píng)估器SynMSE 突破無(wú)監(jiān)督多模態(tài)醫(yī)學(xué)圖像配準(zhǔn)中復(fù)雜分布差異難題(Medical Image Analysis )
近日,中國(guó)科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院醫(yī)工所秦文健研究員團(tuán)隊(duì)針對(duì)無(wú)監(jiān)督配準(zhǔn)算法在復(fù)雜多模態(tài)場(chǎng)景中面臨的挑戰(zhàn),創(chuàng)新性提出了一種新的多模態(tài)相似性評(píng)估器(SynMSE),有效解決了配準(zhǔn)過(guò)程中的分布差異難題。該成果以"SynMSE: A multimodal similarity evaluator for complex distribution discrepancy in unsupervised deformable multimodal medical image registration"為題,發(fā)表在醫(yī)學(xué)圖像分析領(lǐng)域知名期刊 Medical Image Analysis上。醫(yī)學(xué)圖像配準(zhǔn)在放射治療計(jì)劃、手術(shù)導(dǎo)航及多模態(tài)影像融合中發(fā)揮著關(guān)鍵作用。然而,無(wú)監(jiān)督多模態(tài)配準(zhǔn)方法常常受到灰度分布差異、解剖結(jié)構(gòu)異質(zhì)性和生理運(yùn)動(dòng)變異 的影響,導(dǎo)致配準(zhǔn)精度不足。近日,中國(guó)科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院醫(yī)工所秦文健研究員團(tuán)隊(duì)針對(duì)無(wú)監(jiān)督配準(zhǔn)算法在復(fù)雜多模態(tài)場(chǎng)景中面臨的挑戰(zhàn),創(chuàng)新性提出了一種新的多模態(tài)相似性評(píng)估器(SynMSE),有效解決了配準(zhǔn)過(guò)程中的分布差異難題。該成果以"SynMSE: A multimodal similarity evaluator for complex distribution discrepancy in unsupervised deformable multimodal medical image registration"為題,發(fā)表在醫(yī)學(xué)圖像分析領(lǐng)域知名期刊 Medical Image Analysis上。研究團(tuán)隊(duì)提出了一種全新的解耦空間與分布信息的無(wú)監(jiān)督配準(zhǔn)框架。具體而言,團(tuán)隊(duì)設(shè)計(jì)了一個(gè)基于 Structure-Constrained CycleGAN 的生成器,用于模擬模態(tài)間的灰度差異并保持解剖拓?fù)湟恢滦裕煌瑫r(shí),通過(guò)隨機(jī)變換與偽影像生成分離空間錯(cuò)位與分布差異,使 SynMSE 評(píng)估器能夠忽略模態(tài)特有的灰度差異,聚焦于空間對(duì)齊,從而作為即插即用的相似性度量模塊無(wú)縫集成于任意配準(zhǔn)網(wǎng)絡(luò)中。研究結(jié)果表明,SynMSE 在L2R 2022 CT-MR腹部數(shù)據(jù)集、臨床宮頸CT-MR數(shù)據(jù)集以及CuRIOUS MR-US腦數(shù)據(jù)集上均取得了最優(yōu)配準(zhǔn)性能。與傳統(tǒng)方法相比,SynMSE顯著提升了Dice系數(shù)、降低了HD95與TRE誤差,實(shí)現(xiàn)了在復(fù)雜模態(tài)差異下的高精度解剖結(jié)構(gòu)對(duì)齊。圖4-圖6分別為所提出方法在三個(gè)數(shù)據(jù)集上的定性結(jié)果展示,紅色標(biāo)注代表固定圖像的目標(biāo)器官區(qū)域,黃色標(biāo)注代表浮動(dòng)圖像與配準(zhǔn)后圖像的目標(biāo)器官區(qū)域。表示圖中結(jié)果顯示,SynMSE更好的克服了多模態(tài)圖像間的復(fù)雜分布差異,不僅實(shí)現(xiàn)了更精確的配準(zhǔn)效果,而且有效保持了組織邊界與解剖拓?fù)涞耐暾裕黠@優(yōu)于現(xiàn)有方法。中國(guó)科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院秦文健研究員為通訊作者,碩士生朱靜珂為第一作者。中國(guó)科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院謝耀欽研究員、遼寧省腫瘤醫(yī)院孫德宇、崔明,香港理工大學(xué)蔡璟教授為論文的共同作者。該研究獲得國(guó)自然聯(lián)合重點(diǎn)、深圳市基礎(chǔ)重點(diǎn)、國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)、深港腫瘤圖像智能計(jì)算分析聯(lián)合實(shí)驗(yàn)室和中國(guó)科學(xué)院青促會(huì)等項(xiàng)目支持。<!--!doctype-->圖1:文章上線(xiàn)截圖,原文鏈接https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1361841525001677?sessionid=1950329661圖2:多模態(tài)醫(yī)學(xué)圖像配準(zhǔn)的復(fù)雜分布差異問(wèn)題圖3:所提出方法架構(gòu)圖圖4:所提出方法與現(xiàn)有方法在L2R 2022 CT-MR腹部數(shù)據(jù)集上的定性效果圖5:所提出方法與現(xiàn)有方法在臨床宮頸CT-MR數(shù)據(jù)集上的定性效果圖6:所提出方法與現(xiàn)有方法在CuRIOUS MR-US腦數(shù)據(jù)集上的定性效果(黃色箭頭指向圖像上的較為明顯的腦溝等顯著結(jié)構(gòu))
2025-09-23
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深圳先進(jìn)院?| 開(kāi)發(fā)劑量敏感的基因擾動(dòng)組學(xué)技術(shù)(Nature Genetics)
基因劑量的變化在胚胎發(fā)育、疾病發(fā)生以及細(xì)胞命運(yùn)決定過(guò)程中發(fā)揮著關(guān)鍵作用,其系統(tǒng)化解析對(duì)于精準(zhǔn)理解生命過(guò)程至關(guān)重要。作為研究基因功能的核心策略,基因擾動(dòng)近年來(lái)與單細(xì)胞組學(xué)的結(jié)合,使研究者能夠在全基因組尺度上系統(tǒng)解析基因的功能,并為虛擬細(xì)胞等人工智能模型的構(gòu)建提供了寶貴的數(shù)據(jù)支撐。然而,現(xiàn)有的大規(guī)?;驍_動(dòng)技術(shù)大多將基因功能簡(jiǎn)化為“開(kāi)/關(guān)”的二元模式,難以捕捉劑量依賴(lài)的連續(xù)效應(yīng)。這種局限不僅削弱了對(duì)基因功能的全面理解,也可能在復(fù)雜生物學(xué)問(wèn)題中引入不全面甚至錯(cuò)誤的結(jié)論。基因劑量的變化在胚胎發(fā)育、疾病發(fā)生以及細(xì)胞命運(yùn)決定過(guò)程中發(fā)揮著關(guān)鍵作用,其系統(tǒng)化解析對(duì)于精準(zhǔn)理解生命過(guò)程至關(guān)重要。作為研究基因功能的核心策略,基因擾動(dòng)近年來(lái)與單細(xì)胞組學(xué)的結(jié)合,使研究者能夠在全基因組尺度上系統(tǒng)解析基因的功能,并為虛擬細(xì)胞等人工智能模型的構(gòu)建提供了寶貴的數(shù)據(jù)支撐。然而,現(xiàn)有的大規(guī)?;驍_動(dòng)技術(shù)大多將基因功能簡(jiǎn)化為“開(kāi)/關(guān)”的二元模式,難以捕捉劑量依賴(lài)的連續(xù)效應(yīng)。這種局限不僅削弱了對(duì)基因功能的全面理解,也可能在復(fù)雜生物學(xué)問(wèn)題中引入不全面甚至錯(cuò)誤的結(jié)論。2025年10月3日,中國(guó)科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院合成生物學(xué)研究所陳萬(wàn)澤課題組與瑞士洛桑聯(lián)邦理工學(xué)院(EPFL)Bart Deplancke課題組合作,在Nature Genetics發(fā)表了題為"Dissecting the impact of transcription factor dose on cell reprogramming heterogeneity using scTF-seq"的研究成果。團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)了scTF-seq技術(shù),實(shí)現(xiàn)了劑量敏感的大規(guī)?;驍_動(dòng)單細(xì)胞組學(xué),并以轉(zhuǎn)錄因子介導(dǎo)的細(xì)胞重編程為模型,系統(tǒng)揭示了基因劑量在細(xì)胞命運(yùn)調(diào)控中未被充分認(rèn)識(shí)的多層次、非線(xiàn)性復(fù)雜效應(yīng)。為什么scTF-seq可以實(shí)現(xiàn)大劑量范圍的基因擾動(dòng)并定量?巧妙利用Tet-on啟動(dòng)子內(nèi)在噪音和逆轉(zhuǎn)錄病毒基因組不同整合位置表達(dá)活性差異,進(jìn)一步結(jié)合高滴度病毒轉(zhuǎn)導(dǎo)的拷貝數(shù)差異(有別于傳統(tǒng)大規(guī)模擾動(dòng)中常用的低滴度方式)。這種設(shè)計(jì)使得即使單一Doxycycline濃度下,轉(zhuǎn)基因的劑量也可以達(dá)到平均60倍,最高1000倍的極寬劑量分布。并結(jié)合3’scRNA-seq兼容的條形碼,定量解析轉(zhuǎn)錄因子劑量與轉(zhuǎn)錄組變化之間的對(duì)應(yīng)關(guān)系,從而首次在大規(guī)?;驍_動(dòng)背景下實(shí)現(xiàn)了“劑量敏感”的功能解析。單基因的復(fù)雜非線(xiàn)性效應(yīng)scTF-seq揭示了轉(zhuǎn)錄因子劑量并非簡(jiǎn)單線(xiàn)性地影響細(xì)胞命運(yùn)。例如,KLF4在不同劑量下分別驅(qū)動(dòng)與骨骼形成、細(xì)胞結(jié)構(gòu)組裝或上皮發(fā)育相關(guān)的不同基因表達(dá)模式,表現(xiàn)出高度非線(xiàn)性的調(diào)控特征。這些復(fù)雜劑量效應(yīng)為解釋細(xì)胞重編程的異質(zhì)性提供了重要線(xiàn)索?;蚺c其他細(xì)胞過(guò)程的互作研究還發(fā)現(xiàn),基因劑量效應(yīng)與細(xì)胞周期等其他細(xì)胞過(guò)程密切相關(guān)。CEBPA和PPARG在高劑量下促進(jìn)細(xì)胞周期退出并推動(dòng)脂肪分化,而MYCN則突破常規(guī),在細(xì)胞持續(xù)增殖的同時(shí)驅(qū)動(dòng)分化,但最終伴隨細(xì)胞死亡。這揭示了基因劑量、細(xì)胞周期與分化過(guò)程之間的精細(xì)耦合關(guān)系。多基因互作的劑量敏感性在組合擾動(dòng)實(shí)驗(yàn)中,研究者發(fā)現(xiàn)不同轉(zhuǎn)錄因子的相互作用不僅取決于基因組合本身,還強(qiáng)烈依賴(lài)于基因劑量。同一對(duì)轉(zhuǎn)錄因子組合在不同劑量下可表現(xiàn)為可逆轉(zhuǎn)的協(xié)同或拮抗作用,且這種效應(yīng)具有基因特異性,進(jìn)一步凸顯了基因網(wǎng)絡(luò)調(diào)控的復(fù)雜性。綜上,該研究表明,基因劑量不僅決定單個(gè)基因的功能,還塑造了基因與細(xì)胞過(guò)程的互作格局,以及多基因間的協(xié)同與競(jìng)爭(zhēng)關(guān)系。scTF-seq為系統(tǒng)性地解析這些劑量依賴(lài)效應(yīng)提供了新方法,產(chǎn)生的基因定量擾動(dòng)數(shù)據(jù)也為精準(zhǔn)細(xì)胞工程和虛擬細(xì)胞模型構(gòu)建提供了關(guān)鍵支撐。該工作由中國(guó)科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院合成生物學(xué)研究所和瑞士洛桑聯(lián)邦理工學(xué)院(EPFL)合作完成,陳萬(wàn)澤研究員和Bart Deplancke教授為共同通訊作者,劉王杰(博士生)、Wouter Saelens(博士后)和Pernille Rainer(博士生)為共同第一作者。該工作獲得了重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、國(guó)家自然科學(xué)基金委、深圳市醫(yī)學(xué)研究專(zhuān)項(xiàng)和深圳合成生物學(xué)創(chuàng)新研究院等項(xiàng)目的支持。陳萬(wàn)澤博士現(xiàn)為中國(guó)科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院合成生物學(xué)研究所研究員,博士生導(dǎo)師,主要研究方向是通過(guò)新技術(shù)的開(kāi)發(fā),理解細(xì)胞命運(yùn)決定機(jī)制并進(jìn)行改造和干預(yù),得到國(guó)家自然科學(xué)基金優(yōu)秀青年項(xiàng)目,國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃課題等重要項(xiàng)目的支持,相關(guān)成果以通訊和第一作者身份在Nature,Nature Genetics,Nature Cell Biology等期刊發(fā)表,被Nature Biotechnology,Nature Methods,Nature Immunology等多個(gè)雜志專(zhuān)文評(píng)述和高亮報(bào)道。歡迎感興趣的博士后、博士生和研究助理加入!文章上線(xiàn)截圖,原文鏈接:https://www.nature.com/articles/s41588-025-02343-7圖1:scTF-seq的原理圖示<!--!doctype-->圖2:?兩個(gè)轉(zhuǎn)錄因子之間協(xié)同-拮抗效應(yīng)的劑量可逆性
2025-10-09
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